4대강 녹조 피해가 심각한 상황인 것으로 알려졌다. JTBC 등의 보도에 의하면, 현재 4대강 공사로 만들어진 보 주변엔 기온만 오르면 녹조가 가득하며 심지어 물속은 움직이는 생명체가 거의 보이지 않는 상태인 것으로 나타났다.
강 바닥 상태가 이처럼 안 좋은 것은 4대강 보 주변 녹조 현상을 일으키는 독성 남조류, 마이크로시스티스가 강바닥에 계속 쌓이고 있기 때문인 것으로 전해졌다.
영남권 환경단체들의 모임 '낙동강연합'은 20일 기자회견을 열고 4대강 오염도는 표면에 비해 바닥이 4배나 높다고 주장했다. 단순히 수문 개방으로는 표면에만 영향을 미칠 뿐 강 바닥에 영향을 줄 수 없기에 별다른 개선이 이뤄질 수 없다는 설명도 보탰다. 이들 환경단체들 사이에서는 근본적 개선 조치로 보 철거 문제가 거론되고 있다.