남북교회가 2012년 부활절 공동기도문을 발표했다. 한국기독교교회협의회(이하 NCCK, 총무 김영주)에 따르면, 남북교회는 이번 부활절 공동기도문에서 통일에 대한 간절한 염원을 담았다.
남북교회는 먼저 기도문에서 "민족의 혈맥과 국토의 지맥이 갈라진지 67년, 서로 찾고 부르며 그리워하며 가슴 아픈 고난의 시간이었지만 우리 민족을 하나로 만드신 하나님의 창조와 보존의 섭리를 믿었기에 남과 북의 동포들은 오직 하나의 소원, 통일을 이룩하기 위해 기도하며 인내했다"며 "날이 가고 달이 지나고 해를 넘길수록 통일에 대한 간전할 염원이 더더욱 가슴 속에 넘쳐난다"고 했다.
남북교회는 이어 "갈라진 민족들을 하나로 만들어 공고한 평화를 이루어주신 주님의 모습 그대로 이념과 체제가 달라도 우리는 하나의 민족으로 서로 화해하고 단합하여 미움을 사랑으로, 불신을 신뢰로 바꿔 나아가겠다"고 했다.
아울러 남북교회는 우리 민족의 힘으로 평화 통일을 성취하기를 바랐다. 남북교회는 "우리 민족끼리 힘을 합해 평화와 통일을 이루어가는 길에서 상처받고 고통받은 겨레의 아픔을 어루만져 주옵소서"라며 "분단으로 상처받은 형제자매의 눈물을 닦아주시고 약속하신 평화를 하루빨리 이루게 하여 주옵소서"라고 기도했다.