이 목사는 예수 시대 당시 재난으로 통한 이 사건에 대해 "이 본문에서 두 가지 시각을 다시 발견했는데, 하나는 그렇게 죽은 사람들이 그들의 죄 때문이 아니라는 것"이라며 "우리는 이런 일들을 겪을 때마다 ‘그들이 저주를 받았나, 죄를 지었나’ 해석하는데, 이를 주님께서 틀렸다고 하신다"고 말했다. 재앙을 믿음없는 이들에 대한 징벌이라는 의미화가 성서적이지 않음을 확인한 것이다.
그러나 이 목사는 "왜 자꾸 남에게 책임을 전가하십니까. 일만 벌어지면 ‘누구 탓이다, 누구 탓이다’ 하는데, 저도 선장에 대해서 섭섭한 마음이 들고 화가 나지만 선장을 욕한다고 문제가 해결되지 않는다"며 "저라고 분석할 수 없겠느냐, 우리는 여기저기 그렇게 퍼트릴 것이 아니라 조용히 침묵하고, 이런 일이 일어날수록 입을 닫아야 한다"고 말했다.
또 "주님께서 주시는 지침은 함부로 남을 정죄해선 안 된다는 말씀으로, 그것은 범죄행위"라며 "우리는 하나님께 회개함으로 나가야 하고, ‘하나님 저의 죄 때문이다. 예수 믿는 우리들의 죄악이다. 우리들의 무능함이다. 하나님, 이 나라 이 민족을 살리기 위하여, 하나님의 오랜 침묵을 깨기 위하여 먼저 예수 믿은 우리들의 영적 각성과 회개가 불붙듯 일어나게 해 주시길 원합니다’라고 기도해야 한다"고 말했다.
이 설교 후에 SNS 상에는 세월호 사태에 ‘침묵’을 요구하는 이 목사의 의견에 공감을 표시하는 의견도 있었으나 (정부의 무능, 선장·선원들의 직무유기 등 불의에)"묻지마 침묵하라는 말인가"라며 반대 의견도 표출됐다.
논란이 확산되자 이 목사는 25일 교회 홈페이지를 통해 그가 언급한 ‘침묵’의 의미에 대해 부연설명을 하며 오해의 확산을 막으려 나섰다. 그는 "‘침묵하라’고 한 것을 ‘비겁한 침묵’으로 오해하시면 안 된다"며 "세월호 침몰 사고가 나자, 우리교회 성도들 사이에 카카오톡으로 잘못된 정보(우리교회 학생이 연루되어 있다, 배에 우리교회 학생 4명이 갖혀 있다 등)가 떠돌아 확인 전화가 왔고, 아직은 사건이 진행되고 있기 때문에 섣부른 판단과 분석보다는 깊이 침묵하며 하나님께 나아갈 때라는 뜻으로 드린 말씀"이라고 해명했다.