현재 진행 중인 ‘연세대학교 이사회 결의 무효 확인소송’에서 연세대 측은 학교가 설립될 당시 한국교회는 존재하지도 않았으며 학교설립에 기여한 바가 전혀 없다고 주장하는 한편, 한국교회 지도자들이 연세대학교 송도글로벌 신학대학원 설립에 참여하고 있는 마당에 이 소송을 계속하는 것은 신의성실의 원칙에 반한다는 주장을 했다.
연세대 측의 이와 같은 주장에 대해 ‘연세대학교설립정신회복을위한기독교대책위원회’(위원장 손달익 목사, 이하 기독교대책위)는 그 주장이 재판의 승소를 위하여 한국교회와의 역사적 관계를 송두리째 부정한 것이라 간주하고 지난 4월 30일 연세대 이사회측에 질의서를 보내 사실관계 확인을 요청한 바 있다.
하지만 연세대측이 사실관계에 대한 답변을 시한인 5월 9일까지 보내오지 않자 기독교대책위는 5월 12일 새벽 긴급회의를 열어 연세대측의 행동에 대해 강하게 불쾌감을 표시하며 더욱 적극적인 대응을 결의했다. 그 결의의 내용은 한국교회 각 교단장과 대책위원회 및 연세대 동문회를 포함한 확대회의를 열어 더욱 강력히 대응할 것과 기자회견 및 광고 등을 통한 여론화 작업을 병행하기로 한 것 등이다. 더불어 기독교대책위는 연세대학교의 설립정신 회복을 위해 학교측이 벌이고 있는 정관개정 시도가 무효화될 때까지 활동을 계속해 나갈 것도 결의했다.
한편, 이와 같은 법정공방은 2011년 10월 27일 연세대학교 법인이사회가 교단추천이사제도를 폐기한 이후 촉발됐다. 기독교대책위는 교단추천이사제도를 “하나님의 뜻에 따른 선교적 전통을 지켜가기 위한 최소한의 장치”라고 평가하고 있기 때문에 연세대 이사회가 이 제도를 한국교회와 아무런 협의 없이 정관에서 삭제한 것을 두고 “법과 상식을 무시한” 처사라고 간주하고 법적 대응에 나선 것이다.