사퇴압력을 받아왔던 총신대 길자연 총장이 결국 6월25일(목) 사의를 표명했다. 총신대학교는 학교 홈페이지를 통해 길 총장이 “총회에서 개방이사를 신속하게 선임하여 재단이사회를 정상화하여 총회와 학교와의 화합을 조건으로 총장직을 사임했다”고 공지했다. 이에 따라 총신대 재단이사회는 길 총장 사표를 수리하고 심상법 대학원 부총장을 총장직무대행으로 선임했다.
길 총장은 지난 해 10월부터 거취 논란에 휩싸였었다. 예장합동 총회(총회장 백남선 목사)는 침묵을 지키다 올해 1월 총신재단정관변경관련결의이행위원회를 열어 총신대 재단이사직을 사임하지 않은 이사들에 대해 총회의 모든 공직을 정지(해임)시키기로 결의하며 길 총장을 압박했다.
길 총장은 이에 맞서 교육부 장관을 상대로 제기한 ‘임원취임승인취소가처분취소’ 소송을 제기했다. 그러나 서울행정법원은 6월12일(금) 결심공판에서 원고의 청구를 기각한다고 판결했다. 길 목사는 예장합동 교단지인 <기독신문>과의 접촉에서 “학교의 정상화를 위해 저 자신이 결단하는 것이 필요하다고 판단했으며 저의 사임을 계기로 학교 운영과 총회와의 관계가 개선되기를 바란다”고 밝혔다. 길 총장 사임과 관련, 예장합동의 한 목회자는 “길 목사가 교단 내 정치적 흐름이 불리한데다 재판에서 패하는 등 궁지에 몰려 사퇴한 것”이라고 풀이했다. 그러나 당사자인 길 목사는 “저의 사임은 아내의 간병에 전념해야 겠다는 뜻도 있으며 교육부와의 재판에서 불리할 것 같아서 사표를 냈다는 것은 사실과 다르다”고 선을 그었다.