종교와 개인의 신념 등을 이유로 한 양심적 병역거부자에 대해서 헌재가 대체복무제를 만들라고 사상 첫 결정을 내려 주목을 받고 있다. 이로써 양심적 병역거부 등으로 감옥행을 택하는 여호와의 증인 신도들 등에게도 대체복무의 길이 열릴 전망이다.
헌법재판소가 대체복무 조항이 없는 현행 병역법이 헌법과 일치하지 않는다는 결론을 내리고 국회에 대체복무제를 마련하라며 입법을 촉구했다.
헌재는 대체복무제가 규정되지 않은 상황에서 양심적 병역거부자를 처벌하면 양심의 자유를 침해한다며 내년 말까지 국회의 개선입법을 촉구했다.
그러나 헌재는 병역거부를 처벌하는 법에 대해서는 병역자원과 형평성 확보를 위한 적합한 수단이라고 보고 합헌으로 결론을 내렸다.
헌재의 이번 판단으로 현재의 병역법 관련 조항의 효력은 내년까지 유지되지만, 시한까지 대체복무제가 마련되지 않을 경우 내후년인 2020년부터는 효력이 상실될 계획이다.
한편 여호와의 증인 등은 "그들은 칼을 쳐서 보습을 만들고 창을 쳐서 낫을 만들 것이다. 나라가 나라를 대적하여 칼을 들지도 않고 다시는 전쟁을 배워 익히지도 않을 것이다."(이사야 2장 4절) 등을 근거로 양심적 병역거부를 해왔다.
그러나 보수 개신교계는 한 때 양심적 병역거부로 기소된 여호와 증인 신도 등에 대해 무죄를 선고한 법원의 판단이 나올 때마다 강력히 항의하며 반발하는 모습을 보여왔다. 보수 개신교계는 종교와 관계없이 대한민국 성인 남성이라면 병역의 의무를 져야 한다는 입장이다.