지난 1일 대법원이 종교나 양심을 정당한 병역거부 사유로 봐야한다는 판단을 내린 데 대해 보수 개신교계는 불쾌한 심기를 드러냈다. 한국기독교총연합회(한기총, 대표회장 엄기호)는 2일 "법의 잣대가 소위 ‘마음대로' 늘어났다 줄어들었다 할 수 있는 가능성을 보여준 심각한 판결"이라고 비판했다. 또 병역 거부자의 대다수가 여호와의 증인인 점을 들어 "병역거부는 병역기피의 일환일 뿐이며 ‘양심적 병역거부'라는 표현보다 ‘특정 종교의 병역기피'라고 해야 한다"고 주장했다.
보수 개신교 교단의 입장을 대변해온 한국교회언론회(언론회, 대표회장 유만석)도 1일 논평을 통해 "현재 ‘대체복무제'등 제도적인 장치가 되어 있지 않고, 불과 3개월 전에 헌법재판소가 ‘종교/양심적 병역거부의 처벌이 합헌'이라는 결정에 대하여 정면으로 배치되는 판결"이라고 지적했다. 또 "남북의 대치 상황과(지금은 결코 평화가 정착된 것이 아님) 우리 군의 병력 자원이 부족한 상황에서 이런 결정을 내리는 것은, 법률이 가진 공공성과 공익성을 도외시한 것이 아닌가 판단한다"라면서 "양심적이라고 하지만, 실제적으로 병역을 거부하는 사람들은 특정종교인이 99%를 차지하고 있지 않은가?"라고 의문을 제기했다.
보수 개신교계는 양심적 병역거부 관련, 사법부의 무죄 판단이 나올 때 마다 남북분단 상황을 들먹이며 격한 어조로 비판해 왔다.
지난 2015년 5월 광주지법이 여호와의 증인 신도 3명의 양심적 병역거부에 대해 무죄판단을 내리자 언론회는 "우리나라는 남북이 첨예한 대치상태에 있어서, 국가 안보를 위해 ‘국민 개병제'를 택하고 있음을 간과해서는 안 된다"는 입장을 내놓았다. 한기총 역시 "병역의 의무는 대한민국 남자라면 누구나 져야 할 책임임에도 불구하고, 이번 법원의 판단으로 인해 자유와 의무의 균형이 깨어질 수밖에 없는 것에 대해 우려를 표한다"고 했다.
반면 진보 성향의 한국기독교교회협의회(NCCK)는 "더 이상 전쟁을 위한 무기를 들지 않겠다고 결심한 젊은이들에게 큰 용기를 주었다"며 환영 입장을 낸 바 있다.